El FNDR apoya las inversiones públicas, otorgando financiamiento, a través de créditos y transferencias, a municipios, gobernaciones, universidades públicas, mancomunidades municipales, otras entidades territoriales autónomas, cooperativas de servicios públicos y empresas públicas de prestación de servicios.

Con estos recursos, los Gobiernos Subnacionales y entidades financian proyectos de inversión Multisectoriales (agua potable, alcantarillado, electrificación, vialidad, etc.), como también inversión en infraestructura en los sectores de salud y educación, y actividades de fomento productivo, destinadas a incrementar infraestructura social y económica con el objeto de obtener un desarrollo territorial armónico y equitativo.